TK tych narządów obejmuje dwa różne sposoby badania w zależności od wskazań. Do pierwszej grupy wskazań należą badania wykonywane bez stosowania środków cieniujących i mające na celu ocenę struktury kostnej w chorobie Pageta, dysplazji włóknistej, zmianach pourazowych, czy chorobie zwyrodnieniowej dużych stawów, w przypadku niejednoznacznego obrazu klinicznego i radiologicznego w zdjęciu RTG przeglądowym. Druga grupa wskazań, oprócz oceny struktur kostnych, obejmuje patologie tkanek miękkich wokół kości oraz nacieki zapalne i nowotworowe, szerzące się z kości na tkanki miękkie lub odwrotnie. Wskazania obejmują nowotwory łagodne i złośliwe kości i stawów, ocenę rozległości nacieków nowotworowych i ich stosunku do jamy szpikowej i tkanek miękkich, oraz przewlekłe i nietypowe stany zapalne kości i stawów. W tych przypadkach konieczne jest podanie środka cieniującego – pacjent powinien pozostawać na czczo. Wielorzędowe systemy TK, oprócz możliwości wnikliwej oceny skomplikowanych złamań (cienkie warstwy, retrorekonstrukcje i 3D), są w stanie uwidocznić również z wysoką jakością nawet tkanki miękkie, np. więzadła krzyżowe, dla których badaniem z wyboru jest rezonans magnetyczny. Dodatkowo nowoczesne oprogramowanie umożliwia nakładanie na siebie obrazów, z różnych poziomów przekroju kończyny, dla wyliczania kątów, np. antewersji, czy innych, pomocnych dla planowania zabiegów ortopedycznych.